Lxml: добавить пространство имен для ввода файла

Я разбираю XML файл, созданный внешней программой. Затем я хотел бы добавить пользовательские аннотации к этому файлу, используя собственное пространство имен. Мой ввод выглядит следующим образом:

<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version4" xmlns:celldesigner="http://www.sbml.org/2001/ns/celldesigner" level="2" version="4">
  <model metaid="untitled" id="untitled">
    <annotation>...</annotation>
    <listOfUnitDefinitions>...</listOfUnitDefinitions>
    <listOfCompartments>...</listOfCompartments>
    <listOfSpecies>
      <species metaid="s1" id="s1" name="GenA" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
          <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
      <species metaid="s2" id="s2" name="s2" compartment="default" initialAmount="0">
        <annotation>
           <celldesigner:extension>...</celldesigner:extension>
        </annotation>
      </species>
    </listOfSpecies>
    <listOfReactions>...</listOfReactions>
  </model>
</sbml>

Проблема заключается в том, что lxml только объявляет пространства имен, когда они используются, что означает, что объявление повторяется много раз, например (упрощенное):

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

Можно ли заставить lxml написать это объявление только один раз в родительском элементе, например sbml или listOfSpecies? Или есть веская причина не делать этого? В результате я хочу:

<sbml xmlns="namespace" xmlns:celldesigner="morenamespace" level="2" version="4"  xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace">
  <listOfSpecies>
    <species>
      <kjw:test/>
      <celldesigner:data>Some important data which must be kept</celldesigner:data>
    </species>
    <species>
      <kjw:test/>
    </species>
    ....
  </listOfSpecies>
</sbml>

Важная проблема заключается в том, что существующие данные, которые считываются из файла, должны храниться, поэтому я не могу просто создать новый корневой элемент (я думаю?).

EDIT: приведенный ниже код.

def annotateSbml(sbml_input):
  from lxml import etree

  checkSbml(sbml_input) # Makes sure the input is valid sbml/xml.

  ns = "http://this.is.some/custom_namespace"
  etree.register_namespace('kjw', ns)

  sbml_doc = etree.ElementTree()
  root = sbml_doc.parse(sbml_input, etree.XMLParser(remove_blank_text=True))
  nsmap = root.nsmap
  nsmap['sbml'] = nsmap[None] # Makes code more readable, but seems ugly. Any alternatives to this?
  nsmap['kjw'] = ns
  ns = '{' + ns + '}'
  sbmlns = '{' + nsmap['sbml'] + '}'

  for species in root.findall('sbml:model/sbml:listOfSpecies/sbml:species', nsmap):
    species.append(etree.Element(ns + 'test'))

  sbml_doc.write("test.sbml.xml", pretty_print=True, xml_declaration=True)

  return

Ответы

>>> from libsbml import *
>>> doc = readSBML('Dropbox/SBML Models/BorisEJB.xml')
>>> species = doc.getModel().getSpecies('MAPK')
>>> species.appendAnnotation('<kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>')
0
>>> species.toSBML()
'<species id="MAPK" compartment="compartment" initialConcentration="280" boundaryCondition="false">\n  <annotation>\n
 <kjw:test xmlns:kjw="http://this.is.some/custom_namespace"/>\n  </annotation>\n</species>'
>>>

ns = '{http://this.is.some/custom_namespace}'

# add 'kjw:foobar' attribute to root node
root.set(ns+'foobar', 'foobar')

# add kjw namespace elements (or attributes) elsewhere
... get child element species ...
species.append(etree.Element(ns + 'test'))

# remove temporary namespaced attribute from root node
del root.attrib[ns+'foobar']

nsmap = {'kjw': 'http://this.is.some/custom_namespace'}
etree.cleanup_namespaces(root, top_nsmap=nsmap)