Ответ 1
GDB является золотым стандартом для отладки на * nix. В GDB есть все функции отладки, которые вы ожидаете в современном отладчике. Например, обратная отладка - лучшая функция, если вы изменяете двоичный файл в памяти, когда вы делаете ошибку, просто отходите назад и повторите попытку. DDD является популярным интерфейсом, но серьезно вам следует изучить GDB CLI. У этого есть бит кривой обучения, но как только вы узнаете его, вы никогда не вернетесь. Это намного быстрее.
Сохранение измененного двоичного файла не так уж и велико. Просто откройте двоичный файл с шестнадцатеричным редактором, например Hex Fiend и измените его напрямую, а не большое дело.