Является комбинацией Python 3 и PyQt 4 рекомендуемые? Есть ли альтернативы?
Я не понимаю, почему нет, существует версия для Python 3, которая работает нормально, и единственная альтернатива, если вы действительно Qt будет PySide, что далеко не совместимо с Python 3.
Другими альтернативами GUI будет wxPython (не в Python 3, а AFAIK) и "родной" Tkinter (это что-то еще...).
Если PyQt4 является единственным неродным модулем, который вам нужен, проблем не должно быть. Проверьте, доступны ли все модули для Py3k! PyQt4 для Py3k еще не интегрирован во все дистрибутивы. То есть на Debian PyQt4 работает только с Python 2 в настоящее время.
Посмотрите 3to2! Инструмент для преобразования кода Py3 в Py2. Это лучше, чем кодирование в Py2 и использование 2to3.