Ответ 1
Это происходит только в том случае, если вы сохраняете окно Cookie открытым во время установки файлов cookie. После закрытия и повторного открытия окна Cookie вы должны увидеть только самое последнее сохраненное значение.
Аналогично, если вы удалите файл cookie, когда открыто окно Cookie, оно все равно будет отображаться в списке, пока вы не закроете и не откроете окно Cookie.
Я говорю по опыту - я был разочарован одним и тем же - к сожалению, у меня нет никаких доказательств, и я не знаю, является ли это ошибкой или намеренной функцией.
Обновление
Интересно, что Google Chrome ведет себя аналогичным образом. Если вы откроете вкладку "Параметры", значения cookie, отображаемые в разделе "Все файлы cookie и данные сайта", не изменяются, пока вы не закроете и не откроете вкладку. Я предполагаю, что это преднамеренная функция для обоих браузеров.