Ответ 1
Это просто вопрос стиля. Исторически файлы autoconf назывались configure.in. Теперь configure.ac является предпочтительной схемой именования. Его также обсуждается в документации.
Configure.in или configure.ac?
Кажется, что некоторые проекты autoconf используют файл configure.in для генерации configure script, а некоторые используют configure.ac.
В чем разница/преимущество между использованием одного или другого?
Ответы
Ответ 2
Новые проекты должны использовать configure.ac. В старых проектах используется configure.in; если неудобно переключаться на новое имя, они могут продолжать использовать его, но средства autoconf будут генерировать предупреждение.