Ответ 1
Если вы хотите, чтобы Emacs автоматически заполнял комментарии, вы не должны комментировать-автоматически заполнять-только-комментарии локальной переменной:
(setq comment-auto-fill-only-comments t)
Если вы хотите его только в определенном режиме, но не все, вы должны добавить его к правильному крюку:
(add-hook 'ruby-mode-hook
(lambda () ((set (make-local-variable 'comment-auto-fill-only-comments) t)))
Ответ UPDATE
Чтобы удалить автозаполнение из текстового режима, вы должны использовать hook:
(add-hook 'text-mode-hook
(lambda () (auto-fill-mode -1)))
Обратите внимание, что это также изменит состояние автозаполнения в режиме вывода текстового режима (латекс-режим - один из примеров, есть много другого такого режима)