Ответ 1
Фактическая разница между apply from:
и apply plugin:
заключается в том, что первая используется для плагинов script с учетом пути к локальной файловой системе или URL-адреса в удаленном месте, а позднее для двоичных плагинов, использующих идентификатор плагина.
Подробнее об этом читайте в Gradle документации здесь.