Ответ 1
Документация по интеграции плагина Eclipse-Checkstyle упоминает
Внешние конфигурации могут по умолчанию редактироваться, если файл конфигурации доступен для записи.
Если у вас есть тщательно обработанный файл конфигурации (с хорошими комментариями и все такое), который вы не хотите "уничтожать" случайно с помощью редактора конфигурации, вы можете использовать опцию конфигурации Protect Checkstyle. Когда этот параметр включен, редактор конфигурации не будет касаться вашего файла, даже если он включен.
Конечно, проверьте, доступен ли файл конфигурации externa для записи.
Но также проверьте, не защищена ли ваша внешняя конфигурация,