В моих сценариях, которые я сейчас вношу в пакет, требуется ряд "глобальных настроек". В настоящее время эти параметры находятся в глобальных переменных и обычно изменяются путем непосредственного редактирования script. (script создает записи для базы данных, и вам нужно настроить такие вещи, как "имя автора" и другая пользовательская "постоянная" часть записей.)
Снова, в настоящее время я использовал const_author <- "Meow The Scientist Cat" et al. Я могу, конечно, оставить это точно так же, как есть, и экспортировать все глобальные переменные, чтобы пользователь мог установить их на что угодно. Однако это уродливо и загрязняет пространство имен.
Каков стандартный метод в R, чтобы сделать такие настройки доступными для пользователя? Использование опций()? И в какой момент в пакете должны быть загружены эти параметры?
Возможно, используется функция типа settingsTemplate(filename), которая экспортирует файл с настройками по умолчанию, который пользователь может настроить; и он должен указать файл или loadSettings (имя файла) перед использованием скриптов?
Вы можете создать что-то похожее на xcms: в zzz.R мы вызываем .setXCMSOptions (из init.R при загрузке пакета, где конкретные параметры xcms вставляются в общие параметры BioC:
getOption("BioC")$xcms
Вы можете предоставить методы getter и setter для ваших опций.