Какой самый простой способ установить BLAS и LAPACK для scipy?

Я хотел бы запустить программу, которую кто-то еще подготовил, и включает в себя scipy. Я попытался установить scipy с помощью

pip install scipy

но это дает мне долгую ошибку. Я знаю, что есть способы с Анакондой и Навесом, но я думаю, что это долгий путь. Я хотел бы иметь короткий путь. Я также пробовал

G:\determinator_Oskar>pip install scipy
Collecting scipy
  Using cached scipy-0.16.1.tar.gz
Building wheels for collected packages: scipy
  Running setup.py bdist_wheel for scipy
  Complete output from command g:\myve\scripts\python.exe -c "import setuptools;
__file__='e:\\temp_n~1\\pip-build-1xigxu\\scipy\\setup.py';exec(compile(open(__f
ile__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" bdist_wheel -d e:\temp_
n~1\tmp07__zrpip-wheel-:
  lapack_opt_info:
  openblas_lapack_info:
    libraries openblas not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
    NOT AVAILABLE

  lapack_mkl_info:
  mkl_info:
    libraries mkl,vml,guide not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
    NOT AVAILABLE

    NOT AVAILABLE

  atlas_3_10_threads_info:
  Setting PTATLAS=ATLAS
    libraries tatlas,tatlas not found in g:\myve\lib
    libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
    libraries tatlas,tatlas not found in C:\
    libraries lapack_atlas not found in C:\
  <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_3_10_threads_info'>
    NOT AVAILABLE

  atlas_3_10_info:
    libraries satlas,satlas not found in g:\myve\lib
    libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
    libraries satlas,satlas not found in C:\
    libraries lapack_atlas not found in C:\
  <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_3_10_info'>
    NOT AVAILABLE

  atlas_threads_info:
  Setting PTATLAS=ATLAS
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in g:\myve\lib
    libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
    libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\
    libraries lapack_atlas not found in C:\
  <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info'>
    NOT AVAILABLE

  atlas_info:
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in g:\myve\lib
    libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
    libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\
    libraries lapack_atlas not found in C:\
  <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_info'>
    NOT AVAILABLE

  lapack_info:
    libraries lapack not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
    NOT AVAILABLE

  lapack_src_info:
    NOT AVAILABLE

    NOT AVAILABLE

  g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1552: UserWarning:
      Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.
      Directories to search for the libraries can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
      the ATLAS environment variable.
    warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
  g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1563: UserWarning:
      Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) libraries not found.
      Directories to search for the libraries can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting
      the LAPACK environment variable.
    warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)
  g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1566: UserWarning:
      Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) sources not found.
      Directories to search for the sources can be specified in the
      numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting
      the LAPACK_SRC environment variable.
    warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)
  Running from scipy source directory.
  Traceback (most recent call last):
    File "<string>", line 1, in <module>
    File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 253, in <module>
      setup_package()
    File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 250, in setup_packa
ge
      setup(**metadata)
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\core.py", line 135, in setup

      config = configuration()
    File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 175, in configurati
on
      config.add_subpackage('scipy')
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 1001, in
 add_subpackage
      caller_level = 2)
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 970, in
get_subpackage
      caller_level = caller_level + 1)
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 907, in
_get_configuration_from_setup_py
      config = setup_module.configuration(*args)
    File "scipy\setup.py", line 15, in configuration
      config.add_subpackage('linalg')
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 1001, in
 add_subpackage
      caller_level = 2)
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 970, in
get_subpackage
      caller_level = caller_level + 1)
    File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 907, in
_get_configuration_from_setup_py
      config = setup_module.configuration(*args)
    File "scipy\linalg\setup.py", line 20, in configuration
      raise NotFoundError('no lapack/blas resources found')
  numpy.distutils.system_info.NotFoundError: no lapack/blas resources found

  ----------------------------------------
  Failed building wheel for scipy
Failed to build scipy
Installing collected packages: scipy
  Running setup.py install for scipy
    Complete output from command g:\myve\scripts\python.exe -c "import setuptool
s, tokenize;__file__='e:\\temp_n~1\\pip-build-1xigxu\\scipy\\setup.py';exec(comp
ile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __fi
le__, 'exec'))" install --record e:\temp_n~1\pip-3hncqr-record\install-record.tx
t --single-version-externally-managed --compile --install-headers g:\myve\includ
e\site\python2.7\scipy:
    lapack_opt_info:
    openblas_lapack_info:
      libraries openblas not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
      NOT AVAILABLE

    lapack_mkl_info:
    mkl_info:
      libraries mkl,vml,guide not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
      NOT AVAILABLE

      NOT AVAILABLE

    atlas_3_10_threads_info:
    Setting PTATLAS=ATLAS
      libraries tatlas,tatlas not found in g:\myve\lib
      libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
      libraries tatlas,tatlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_3_10_threads_info'>
      NOT AVAILABLE

    atlas_3_10_info:
      libraries satlas,satlas not found in g:\myve\lib
      libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
      libraries satlas,satlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_3_10_info'>
      NOT AVAILABLE

    atlas_threads_info:
    Setting PTATLAS=ATLAS
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in g:\myve\lib
      libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
      libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info'>
      NOT AVAILABLE

    atlas_info:
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in g:\myve\lib
      libraries lapack_atlas not found in g:\myve\lib
      libraries f77blas,cblas,atlas not found in C:\
      libraries lapack_atlas not found in C:\
    <class 'numpy.distutils.system_info.atlas_info'>
      NOT AVAILABLE

    lapack_info:
      libraries lapack not found in ['g:\\myve\\lib', 'C:\\']
      NOT AVAILABLE

    lapack_src_info:
      NOT AVAILABLE

      NOT AVAILABLE

    g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1552: UserWarning:
        Atlas (http://math-atlas.sourceforge.net/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [atlas]) or by setting
        the ATLAS environment variable.
      warnings.warn(AtlasNotFoundError.__doc__)
    g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1563: UserWarning:
        Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) libraries not found.
        Directories to search for the libraries can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack]) or by setting
        the LAPACK environment variable.
      warnings.warn(LapackNotFoundError.__doc__)
    g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\system_info.py:1566: UserWarning:
        Lapack (http://www.netlib.org/lapack/) sources not found.
        Directories to search for the sources can be specified in the
        numpy/distutils/site.cfg file (section [lapack_src]) or by setting
        the LAPACK_SRC environment variable.
      warnings.warn(LapackSrcNotFoundError.__doc__)
    Running from scipy source directory.
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 253, in <module>
        setup_package()
      File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 250, in setup_pac
kage
        setup(**metadata)
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\core.py", line 135, in set
up
        config = configuration()
      File "e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy\setup.py", line 175, in configura
tion
        config.add_subpackage('scipy')
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 1001,
in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 970, i
n get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 907, i
n _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "scipy\setup.py", line 15, in configuration
        config.add_subpackage('linalg')
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 1001,
in add_subpackage
        caller_level = 2)
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 970, i
n get_subpackage
        caller_level = caller_level + 1)
      File "g:\myve\lib\site-packages\numpy\distutils\misc_util.py", line 907, i
n _get_configuration_from_setup_py
        config = setup_module.configuration(*args)
      File "scipy\linalg\setup.py", line 20, in configuration
        raise NotFoundError('no lapack/blas resources found')
    numpy.distutils.system_info.NotFoundError: no lapack/blas resources found

    ----------------------------------------
Command "g:\myve\scripts\python.exe -c "import setuptools, tokenize;__file__='e:
\\temp_n~1\\pip-build-1xigxu\\scipy\\setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'o
pen', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install
--record e:\temp_n~1\pip-3hncqr-record\install-record.txt --single-version-exter
nally-managed --compile --install-headers g:\myve\include\site\python2.7\scipy"
failed with error code 1 in e:\temp_n~1\pip-build-1xigxu\scipy

Я также пробовал

pip install lapack

с этим результатом

Collecting lapack
  Could not find a version that satisfies the requirement lapack (from versions
 )
No matching distribution found for lapack

Я также пробовал

pip install blas

с аналогичными результатами

G:\determinator_Oskar>pip install blas
Collecting blas
  Could not find a version that satisfies the requirement blas (from versions: )

No matching distribution found for blas

Почему scipy становится настолько сложным?

Ответы

Ответ 1

Страница Страница установки SciPy уже предлагает несколько способов установки python с уже включенным SciPy, например WinPython.

Другой способ - использовать wheels (встроенный формат):

pip install SomePackage-1.0-py2.py3-none-any.whl

Колесные пакеты вы можете найти на: http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

Для SciPy вам нужно:

Ответ 2

"Почему scipy становится настолько сложным?

Это становится настолько сложным, что система управления пакетами Python построена для отслеживания зависимостей пакета Python, а SciPy и другие научные инструменты имеют зависимости за пределами Python. Wheels устранить часть проблемы, но мой опыт в том, что таких инструментов, как pip/virtualenv, недостаточно для установки и управления научным стеком Python.

Если вам нужен простой способ запустить и запустить SciPy, я бы очень хотел предложить дистрибутив Anaconda. Это даст вам все, что вам нужно для научных вычислений на Python.

Если вам нужен "короткий путь" для этого (я интерпретирую это как "я не хочу устанавливать огромный дистрибутив" ), вы можете попробовать miniconda, а затем запустите conda install scipy.

Ответ 3

Для Debian Jessie и Stretch установка следующих пакетов решает проблему:

sudo apt-get install libblas3 liblapack3 liblapack-dev libblas-dev

Ваша следующая проблема, скорее всего, будет отсутствующим компилятором Fortran, решите это, установив его так:

sudo apt-get install gfortran

Если у вас возникли проблемы с отсутствующим файлом Python.h, например:

Python.h: нет такого файла или каталога

Тогда взгляните на этот пост: fooobar.com/questions/36905/...

Ответ 4

Использование conda install scipy вместо pip решило проблему для меня!

Ответ 6

Для полноты, хотя это, вероятно, не сработало бы хорошо с учетом вашей конкретной настройки (внешняя программа + Windows), можно также получить Scipy без проблем как часть (большого) SageMath скачать.

Ответ 8

Я получил эту проблему на FreeBSD. Кажется, что нет пакетов lapack, я решил установить их (как root) с помощью:

pkg install lapack
pkg install atlas-devel  #not sure this is needed, but just in case

Я полагаю, что он может работать и в другой системе, используя соответствующий установщик пакета (например, apt-get)

Ответ 9

pip install Cython

до

pip install sklearn

помогло.