Ответ 1
Кажется, ваш .gitmodules файл ссылается на подмодули, используя абсолютный путь.
Попробуйте использовать относительный путь для указанных подмодулей.
(как показано, например, в разделе Управление набором связанных репозиториев относительно Git")
submodule.<name>.path
Определяет путь по отношению к каталогу верхнего уровня рабочего дерева git, где ожидается, что подмодуль будет извлечен.
Имя пути не должно заканчиваться символом/.
Все пути подмодулей должны быть уникальными в файле.gitmodules.
Единственное другое решение - исправить все абсолютные пути (как в этот script)