Ответ 1
В конкретном случае компилятора С# 3 проблема не возникает, если вы не используете какие-либо сборки или типы, не входящие в .NET 2.0, - IL - то же самое (в отличие от таргетинга 1.1, например).
В дополнение к этому вы можете использовать /noconfig/nostdlib, а затем явно ссылаться на сборки .NET 2.0 (например, в c:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727). Похоже, что параметр командной строки /lib может сделать это немного проще, если вы укажете каталог для поиска ссылок, но я сам этого не пробовал.