Ответ 1
Единственный ответ, который я смог найти, - это откат R до версии 3.3.3, которая является последней версией, прежде чем R начал использовать Clang и GNU Fortran для компиляции исполняемого файла (https://cran.r-project.org/bin/macosx/ для получения дополнительной информации).
Это не оптимальное решение, так как я должен вернуться к предыдущим версиям некоторых пакетов, которые я использую (что еще более усложняется поиском правильной версии проблемных зависимостей). Я просматривал темы r-devel и не вижу обсуждения этого, что меня удивляет, потому что я знаю, что я не могу быть единственным человеком, занимающимся этим. Я свяжусь с людьми r-devel и буду обновляться здесь, если я получу дополнительную информацию.
Обновление
Обсуждение этого вопроса определило, что проблема связана с графическим интерфейсом macos R. К сожалению, похоже, что разработчики R GUI знают об этой проблеме, но она не указана как ошибка. Разработчики предлагают очистить консоль - не подходящее для меня решение, учитывая, как быстро возникает проблема.
Я придумал лучшее решение, хотя это довольно странно. Я понял, что поскольку проблема связана с графическим интерфейсом, а не с R, вы можете взять старую версию графического интерфейса (они доступны на странице R macos development). Я надеялся, что смогу использовать GUI версии 1.69, но это сразу же вызвало сбой. версия 1.68, с другой стороны, работает.
Я установил R 3.4.1 на свой компьютер, а затем загрузил двоичный файл для GUI версии 1.68 и скопировал его в папку моих приложений (вам не обязательно это делать, но если вы это сделаете, обязательно переименуйте программу потому что иначе вы замените R). Я думаю, что открыл R через GUI и загрузил R 3.4.1 в R Mac GUI версии 1.68. Пока это работает нормально, подтверждая, что проблема действительно в графическом интерфейсе.