Ответ 1
Вы можете отключить это при создании/импорте проекта sbt (имеется соответствующий флажок).
Если проект уже создан, вы можете перейти к
Настройки | > Сборка, выполнение, развертывание | > Инструменты сборки → SBT
и снимите флажок Create directores for empty content roots automatically
Этот параметр полезен, если вы начинаете новый проект, так как он будет создавать каталоги для вас, но после этого я предлагаю отключить эту опцию и хранить только нужные вам каталоги, другие каталоги будут генерироваться каждый раз при создании/обновить проект.
Смотрите изображение:
