Ответ 1
Локальные установки действительно должны быть установлены под /usr/local, а не непосредственно под /usr. Начиная с El Capitan, это обеспечивается Защита целостности системы. Не должно быть больших изменений, просто установите расширения в /usr/ local/lib/php/extensions и отредактируйте php.ini, чтобы установить extension_dir в соответствующее место.