Pandas concat: ValueError: Форма переданных значений - это blah, индексы подразумевают blah2

Я пытаюсь объединить DataFrame (Pandas 14.1) и ряд. Ряд должен формировать новый столбец с некоторыми NA (так как индексные значения серии являются подмножеством индексных значений блока данных).

Это работает для примера с игрушкой, но не с моими данными (подробнее см. ниже).

Пример:

import pandas as pd
import numpy as np

df1 = pd.DataFrame(np.random.randn(6, 4), columns=['A', 'B', 'C', 'D'], index=pd.date_range('1/1/2011', periods=6, freq='D'))
df1

A   B   C   D
2011-01-01  -0.487926   0.439190    0.194810    0.333896
2011-01-02  1.708024    0.237587    -0.958100   1.418285
2011-01-03  -1.228805   1.266068    -1.755050   -1.476395
2011-01-04  -0.554705   1.342504    0.245934    0.955521
2011-01-05  -0.351260   -0.798270   0.820535    -0.597322
2011-01-06  0.132924    0.501027    -1.139487   1.107873

s1 = pd.Series(np.random.randn(3), name='foo', index=pd.date_range('1/1/2011', periods=3, freq='2D'))
s1

2011-01-01   -1.660578
2011-01-03   -0.209688
2011-01-05    0.546146
Freq: 2D, Name: foo, dtype: float64

pd.concat([df1, s1],axis=1)

A   B   C   D   foo
2011-01-01  -0.487926   0.439190    0.194810    0.333896    -1.660578
2011-01-02  1.708024    0.237587    -0.958100   1.418285    NaN
2011-01-03  -1.228805   1.266068    -1.755050   -1.476395   -0.209688
2011-01-04  -0.554705   1.342504    0.245934    0.955521    NaN
2011-01-05  -0.351260   -0.798270   0.820535    -0.597322   0.546146
2011-01-06  0.132924    0.501027    -1.139487   1.107873    NaN

Ситуация с данными (см. ниже) представляется в основном идентичной - объединение серии с DatetimeIndex, значения которой являются подмножеством данных. Но он дает ValueError в заголовке (blah1 = (5, 286) blah2 = (5, 276)). Почему это не работает?:

In[187]: df.head()
Out[188]:
high    low loc_h   loc_l
time                
2014-01-01 17:00:00 1.376235    1.375945    1.376235    1.375945
2014-01-01 17:01:00 1.376005    1.375775    NaN NaN
2014-01-01 17:02:00 1.375795    1.375445    NaN 1.375445
2014-01-01 17:03:00 1.375625    1.375515    NaN NaN
2014-01-01 17:04:00 1.375585    1.375585    NaN NaN
In [186]: df.index
Out[186]:
<class 'pandas.tseries.index.DatetimeIndex'>
[2014-01-01 17:00:00, ..., 2014-01-01 21:30:00]
Length: 271, Freq: None, Timezone: None

In [189]: hl.head()
Out[189]:
2014-01-01 17:00:00    1.376090
2014-01-01 17:02:00    1.375445
2014-01-01 17:05:00    1.376195
2014-01-01 17:10:00    1.375385
2014-01-01 17:12:00    1.376115
dtype: float64

In [187]:hl.index
Out[187]:
<class 'pandas.tseries.index.DatetimeIndex'>
[2014-01-01 17:00:00, ..., 2014-01-01 21:30:00]
Length: 89, Freq: None, Timezone: None

In: pd.concat([df, hl], axis=1)
Out: [stack trace] ValueError: Shape of passed values is (5, 286), indices imply (5, 276)

Ответы

Ответ 1

У меня была аналогичная проблема (join работал, но concat не удалось).

Проверьте значения повторяющихся индексов в df1 и s1 (например, df1.index.is_unique)

Удаление повторяющихся значений индекса (например, df.drop_duplicates(inplace=True)) или один из методов здесь fooobar.com/questions/53714/... должен разрешить его.

Ответ 2

Моя проблема, когда разные индексы, следующий код решил мою проблему.

df1.reset_index(drop=True, inplace=True)
df2.reset_index(drop=True, inplace=True)
df = pd.concat([df1, df2], axis=1)

Ответ 3

Сообщение Aus_lacy дало мне идею попробовать связанные методы, из которых работает join:

In [196]:

hl.name = 'hl'
Out[196]:
'hl'
In [199]:

df.join(hl).head(4)
Out[199]:
high    low loc_h   loc_l   hl
2014-01-01 17:00:00 1.376235    1.375945    1.376235    1.375945    1.376090
2014-01-01 17:01:00 1.376005    1.375775    NaN NaN NaN
2014-01-01 17:02:00 1.375795    1.375445    NaN 1.375445    1.375445
2014-01-01 17:03:00 1.375625    1.375515    NaN NaN NaN

Некоторое понимание того, почему concat работает на примере, но не эти данные, было бы неплохо!

Ответ 4

Вероятно, ваши индексы содержат повторяющиеся значения.

import pandas as pd

T1_INDEX = [
    0,
    1,  # <= !!! if I write e.g.: "0" here then it fails
    0.2,
]
T1_COLUMNS = [
    'A', 'B', 'C', 'D'
]
T1 = [
    [1.0, 1.1, 1.2, 1.3],
    [2.0, 2.1, 2.2, 2.3],
    [3.0, 3.1, 3.2, 3.3],
]

T2_INDEX = [
    1.2,
    2.11,
]

T2_COLUMNS = [
    'D', 'E', 'F',
]
T2 = [
    [54.0, 5324.1, 3234.2],
    [55.0, 14.5324, 2324.2],
    # [3.0, 3.1, 3.2],
]
df1 = pd.DataFrame(T1, columns=T1_COLUMNS, index=T1_INDEX)
df2 = pd.DataFrame(T2, columns=T2_COLUMNS, index=T2_INDEX)


print(pd.concat([pd.DataFrame({})] + [df2, df1], axis=1))

Ответ 5

Попробуйте сортировать индекс после их конкатенации

result=pd.concat([df1,df2]).sort_index()

Ответ 6

To drop duplicate indices, use df = df.loc[df.index.drop_duplicates()]. Cf pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/generated/… – BallpointBen Apr 18 at 15:25

Это неправильно, но я не могу ответить непосредственно на комментарий BallpointBen из-за низкой репутации. Причина в том, что df.index.drop_duplicates() возвращает список уникальных индексов, но когда вы возвращаете обратно в фреймворк данных, используя те уникальные индексы, он все равно возвращает все записи. Я думаю, это вероятно, потому что индексирование с использованием одного из дублированных индексов вернет все экземпляры индекса.

Вместо этого используйте df.index.duplicated(), который возвращает логический список (добавьте ~, чтобы получить не дублированные записи):

df = df.loc[~df.index.duplicated()].