Ответ 1
В самом поддереве есть свой собственный корневой каталог в своей ветки. См. http://git-scm.com/book/en/v1/Git-Tools-Subtree-Merging, особенно:
Вы хотите вытащить проект Rack в свой мастер-проект как подкаталог. Вы можете сделать это в Git с Git read-tree. Вы узнаете больше о read-tree и его друзьях в главе 9, но на данный момент знаете что он считывает корневое дерево одной ветки в вашу текущую постановку области и рабочего каталога. Вы только что вернулись к своему хозяину ветки, и вы потянете ветку стойки в подставку стойки ваша главная ветвь вашего основного проекта:
$Git read-tree --prefix = rack/-u rack_branch