Ответ 1
Да, обновление Gemfile и запуск установки пакета - это правильный способ обновления приложения. gem update rails просто установит новый gem в вашу систему (так же, как и пакетщик).
Несмотря на то что для обновления с 3.0.3 до 3.0.5 не требуется, вы должны знать о rake rails:update при обновлении приложений Rails. Это полезно, если вы не следили за тем, какие изменения конфигурации могут произойти, и обновляют приложение до нескольких версий.
Это поможет вам узнать, есть ли какие-либо вещи, которые необходимо изменить в файлах загрузки и среды, которые находятся в приложении, но могут быть проигнорированы, если вы предпочитаете просто использовать любые предупреждения об устаревании, которые вы видите в журналах, Если вы не хотите делать много реверсирования в своем scm, я бы рекомендовал нажать 'd' (для diff) каждый раз, когда он говорит о конфликте, а затем просто просматривает, чтобы увидеть, изменилось ли что-либо и нуждается в обновлении.
Что касается того, что делать со старым камнем. Это полностью зависит от вас. Держите их, если хотите, удалите их, если вы этого не сделаете. Это будет хорошо работать в любом случае.