Ответ 1

identical по умолчанию слишком слаб, но вы можете изменить это:

> identical(x, y, attrib.as.set = FALSE)
[1] FALSE

Причину можно найти, осмотрев объекты более подробно:

> dput(x)
structure(list(x = 1:3, y = 11:13), .Names = c("x", "y"), row.names = c(NA,
-3L), class = "data.frame")
> dput(y)
structure(list(x = 1:3, y = 11:13), .Names = c("x", "y"), row.names = c(NA,
3L), class = "data.frame")

Обратите внимание на различные атрибуты row.names:

> .row_names_info(x)
[1] -3
> .row_names_info(y)
[1] 3

Из документации мы можем подсчитать, что отрицательное число подразумевает автоматические имена ростов (для x), тогда как имена строк y ar arent автоматические. И as.matrix рассматривает их по-разному.

Ответ 2

Как и в комментарии, x и y не являются строго одинаковыми. Когда мы вызываем t в data.frame, t.data.frame будет выполняться:

function (x) 
{
    x <- as.matrix(x)
    NextMethod("t")
}

Как мы видим, он вызывает as.matrix, т.е. as.matrix.data.frame:

function (x, rownames.force = NA, ...) 
{
    dm <- dim(x)
    rn <- if (rownames.force %in% FALSE) 
        NULL
    else if (rownames.force %in% TRUE) 
        row.names(x)
    else if (.row_names_info(x) <= 0L) 
        NULL
    else row.names(x)
...

Как комментирует @oropendola, возврат .row_names_info из x и y различен, и вышеприведенная функция - это то, где разница вступает в силу.

Тогда почему y имеет разные rownames? Давайте посмотрим на [.data.frame, я добавил комментарий в ключевые строки:

{
    ... # many lines of code
    xx <- x  #!! this is where xx is defined
    cols <- names(xx)
    x <- vector("list", length(x))
    x <- .Internal(copyDFattr(xx, x))  # This is where I am not sure about
    oldClass(x) <- attr(x, "row.names") <- NULL
    if (has.j) {
        nm <- names(x)
        if (is.null(nm)) 
            nm <- character()
        if (!is.character(j) && anyNA(nm)) 
            names(nm) <- names(x) <- seq_along(x)
        x <- x[j]
        cols <- names(x)
        if (drop && length(x) == 1L) {
            if (is.character(i)) {
                rows <- attr(xx, "row.names")
                i <- pmatch(i, rows, duplicates.ok = TRUE)
            }
            xj <- .subset2(.subset(xx, j), 1L)
            return(if (length(dim(xj)) != 2L) xj[i] else xj[i, 
                                                            , drop = FALSE])
        }
        if (anyNA(cols)) 
            stop("undefined columns selected")
        if (!is.null(names(nm))) 
            cols <- names(x) <- nm[cols]
        nxx <- structure(seq_along(xx), names = names(xx))
        sxx <- match(nxx[j], seq_along(xx))
    }
    else sxx <- seq_along(x)
    rows <- NULL ## this is where rows is defined, as we give numeric i, the following
    ## if block will not be executed
    if (is.character(i)) {
        rows <- attr(xx, "row.names")
        i <- pmatch(i, rows, duplicates.ok = TRUE)
    }
    for (j in seq_along(x)) {
        xj <- xx[[sxx[j]]]
        x[[j]] <- if (length(dim(xj)) != 2L) 
            xj[i]
        else xj[i, , drop = FALSE]
    }
    if (drop) {
        n <- length(x)
        if (n == 1L) 
            return(x[[1L]])
        if (n > 1L) {
            xj <- x[[1L]]
            nrow <- if (length(dim(xj)) == 2L) 
                dim(xj)[1L]
            else length(xj)
            drop <- !mdrop && nrow == 1L
        }
        else drop <- FALSE
    }
    if (!drop) { ## drop is False for our case
        if (is.null(rows)) 
            rows <- attr(xx, "row.names")  ## rows changed from NULL to 1,2,3 here
        rows <- rows[i]
        if ((ina <- anyNA(rows)) | (dup <- anyDuplicated(rows))) {
            if (!dup && is.character(rows)) 
                dup <- "NA" %in% rows
            if (ina) 
                rows[is.na(rows)] <- "NA"
            if (dup) 
                rows <- make.unique(as.character(rows))
        }
        if (has.j && anyDuplicated(nm <- names(x))) 
            names(x) <- make.unique(nm)
        if (is.null(rows)) 
            rows <- attr(xx, "row.names")[i]
        attr(x, "row.names") <- rows  ## this is where the rownames of x changed
        oldClass(x) <- oldClass(xx)
    }
    x
}

мы можем видеть, что y получает свои имена чем-то вроде attr(x, 'row.names'):

> attr(x, 'row.names')
[1] 1 2 3

Итак, когда мы создали y с [.data.frame, он получает атрибуты row.names, отличные от x, из которых row.names являются автоматическими и отображаются с отрицательным знаком в результатах dput.

Изменить

Собственно, это указано в руководстве row.names:

Примечание

row.names похож на имена ростов для массивов, и у него есть метод, который вызывает имена ростов для аргумента массива.

Имена строк формы 1: n для n > 2 хранятся внутри компактного форму, которая может быть видна из кода C или путем отпарки, но не через row.names или attr (x, "row.names" ). Кроме того, некоторые имена этого сортировка отмечены как "автоматические и обрабатываются по-разному as.matrix и data.matrix(и, возможно, другие функции).

Итак, attr не различает автоматический row.names (как и для x) и явный interger row.names (как и для y), тогда как это распознается as.matrix через внутреннее представление .row_names_info.