Install.packages R на Ubuntu 12.04 загружает, но не устанавливает пакеты

Я растерялся. Я делал этот процесс дюжину раз и никогда не имел этой проблемы.

Я установил последнюю версию R для Ubuntu

Я вхожу в R, никаких проблем вообще, дает мне последнюю версию, и я могу загружать собственные пакеты.

Но когда я пытаюсь установить новые пакеты, они загружаются, но я ничего не получаю. Например, если я устанавливаю ggplot2:

> install.packages("ggplot2")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies ‘colorspace’, ‘stringr’, ‘RColorBrewer’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘plyr’, ‘digest’, ‘gtable’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘proto’

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/colorspace_1.2-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 242791 bytes (237 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 237 Kb

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/stringr_0.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 20636 bytes (20 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 20 Kb

[snip ... ]

trying URL 'http://rweb.quant.ku.edu/cran/src/contrib/ggplot2_0.9.3.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2330942 bytes (2.2 Mb)
opened URL
==================================================
downloaded 2.2 Mb


The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’
> library(ggplot2)
Error in library(ggplot2) : there is no package called ‘ggplot2’

Я полностью очищал файлы несколько раз, но не удался.

Я зарегистрирован как root.

Я чувствую, что мне не хватает чего-то очевидного? Я не знаю. Я делал то же самое дюжину раз на Ubuntu, Mac, Windows и Debian. Помощь?

Ответы

Ответ 1

@jdharrison помог. Проблема в нехватке памяти на VPS, который я запускал, поэтому я добавил некоторые свопы, как описано здесь:

Как добавить swap к экземпляру EC2?

Ответ 2

Посмотрите на последние строки:

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages’

Вам нужно перейти в каталог /tmp/RtmpoPUAFL/downloaded_packages (cd...) а затем установите их вручную в порядке, указанном выше. Так

R CMD INSTALL colorspace_1.2-4.tar.gz
R CMD INSTALL stringr_0.6.2.tar.gz
R CMD INSTALL ggplot2_0.9.3.1.tar.gz

Затем попробуйте library(ggplot2) теперь он должен работать

Я понятия не имею, почему вы должны это делать иногда... Я знаю, что я тоже рад узнать об этом.

Ответ 3

Если на вашем сервере недостаточно бара, R не может устанавливать пакеты.

Решение состоит в том, чтобы либо увеличить физический барабан, либо увеличить размер файла подкачки.

Создайте файл подкачки 2 gig

sudo fallocate -l 2G /swap.img
sudo mkswap /swap.img
sudo swapon /swap.img

Вы можете видеть, сколько свободного обмена доступно с помощью команды swapon

[email protected]:# swapon -s
Filename                Type        Size    Used    Priority
/swap.img                               file        2097148 213388  -1