Ответ 1
Недавно я обнаружил ту же проблему, когда создал новый проект Gradle и импортировал его в IntelliJ. Тем не менее, основной причиной, по-видимому, является использование символических ссылок при импорте проекта.
У меня есть следующая символическая ссылка:
/data -> /Users/<user>/data
Когда я первоначально импортировал свой проект, я импортировал /data/checkouts/<project_dir>, но обнаружил, что у меня есть дубликаты файлов из каталога верхнего уровня, как показано выше.
Однако я удалил проект и попытался его снова импортировать, на этот раз используя полный путь /Users/<user>/data/checkouts/<project_dir> и обнаружив, что я больше не вижу дубликатов.
Я не видел эту проблему до импорта проекта eclipse или Maven, поэтому могу только предположить, что это может быть связано с использованием плагина Gradle для IntelliJ.