Улучшение разрешения записи geom_text в ggplot2 r

Какие-либо предложения о том, как улучшить разрешение в geom_text, чтобы разрешение было сопоставимо с разрешением этикеток оси? Благодаря

df <- data.frame("x" = c(1,2,3,4),"y" = c(15,19,35,47))

p<-ggplot(df,aes(x,y))
p<- p + geom_point(size=1)

p<- p + geom_smooth(method="lm", se=FALSE, formula=y~x)
p<- p + xlab("Better Resolution")
p<- p +ylab("Better Resolution")

p<- p +opts(axis.title.x = theme_text(family="Times",face="bold", size=25, colour = "Black",vjust=0)) 

p<- p +opts(axis.title.y = theme_text(family="Times",face="bold", size=25, angle =90, colour ="Black",vjust=0.4))

p<- p + geom_text(aes(x = 3.5, y = 37, label ="123456789"),size=12, parse = TRUE)
p

#The zoomed in text looks like this after saving using ggsave

enter image description here

#Information about my version of R and OS

sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

R.version
           _                            
platform       x86_64-apple-darwin9.8.0     
arch           x86_64                       
os             darwin9.8.0                  
system         x86_64, darwin9.8.0          
status                                      
major          2                            
minor          15.1                         
year           2012                         
month          06                           
day            22                           
svn rev        59600                        
language       R                            
version.string R version 2.15.1 (2012-06-22)
nickname       Roasted Marshmallows  

##############
#The actual code I am using looks like this:

#function that creates the line equation
lm_eqn = function(df){
m = lm(y ~ x, df)
eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,
list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
b = format(coef(m)[2], digits = 2),
r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
as.character(as.expression(eq))
}


#creates basic plot and adds a line
p<-ggplot(df, aes(x,y))
p<- p + geom_point(alpha=1/10, colour="blue", size=5)

#controls background colours
p<-p + theme_bw()

#adds the labels, titles and makes them pretty

p<- p + geom_smooth(method="lm", se=FALSE, formula=y~x,colour="black")
p<- p + xlab("Species similarity for site pair (Tsim variable 'a')")
p<- p +ylab("Trait similarity for site pairs (Tsim)")
p<- p +opts(title="Species vs. Trait combination similarity 2-5m")
p<- p +opts(plot.title = theme_text(family="Times",face="bold", size=18, colour =   "Black",vjust=1)) 
p<- p +opts(axis.title.x = theme_text(family="Times",face="bold", size=15, colour = "Black",vjust=0)) 
p<- p +opts(axis.title.y = theme_text(family="Times",face="bold", size=15, angle =90, colour =  "Black",vjust=0.4))

#adds the equation
p<- p + geom_text(aes(x = 0.015, y = 0.08, label = lm_eqn(df)),size=6,  family="Times",face="italic", parse = TRUE)

ggsave(p,file="tsim.a.0-2.pdf")

Ответы

Ответ 1

Почему бы вам не сохранить экранный график с помощью ggsave. То, что вы видите на экране, может не обязательно быть тем, что будет отображаться в выходной графике с помощью устройств pdf или ps. Я не видел никаких проблем с использованием не отредактированного кода с R2.15.1 в Windows 7 с помощью ggplot 0.9.1.

Я сохранил ваш экранный экран с помощью ggsave и увеличил изображение вправо, и формат PDF выглядит великолепно:

Zoom of geom_text rendering

Используйте ggsave("plot.pdf") (есть несколько других необязательных аргументов, которые вы можете установить, включая сохранение в виде eps). Это сохранит последний график (по умолчанию) в текущем рабочем каталоге. Изучите сюжет. Если текст по-прежнему выглядит забавным, я бы предположил, что может быть что-то не так с установкой шрифта Times.

В этом случае вы должны попробовать это, не указывая спецификацию шрифта, так что R выбирает семейство шрифтов по умолчанию.

Вы также должны зачать theme вместо opts и element_text вместо theme_text (в настоящее время!).

** EDIT **

Хорошо, думаю, я нашел решение вашей проблемы здесь благодаря kohske и mbask. По-видимому, лучшие результаты могут быть достигнуты путем создания фрейма данных для вашего ярлыка и передачи его в geom_text таким образом.

Попробуйте использовать:

df <- data.frame("x" = c(1,2,3,4),"y" = c(15,19,35,47))

lm_eqn = function(df){
m = lm(y ~ x, df)
eq <- substitute(italic(y) == a + b %.% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2,
list(a = format(coef(m)[1], digits = 2),
b = format(coef(m)[2], digits = 2),
r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3)))
as.character(as.expression(eq))
}

### NEW ###
# Create a data frame to hold your label variables
data.label <- data.frame(
x = 0.015,
y = 0.08,
label = c(lm_eqn(df))
)

#creates basic plot and adds a line
p<-ggplot(df, aes(x,y))
p<- p + geom_point(alpha=1/10, colour="blue", size=5)

#controls background colours
p<-p + theme_bw()

#adds the labels, titles and makes them pretty

p<- p + geom_smooth(method="lm", se=FALSE, formula=y~x,colour="black")
p<- p + xlab("Species similarity for site pair (Tsim variable 'a')")
p<- p +ylab("Trait similarity for site pairs (Tsim)")
p<- p +opts(title="Species vs. Trait combination similarity 2-5m")
p<- p +opts(plot.title = theme_text(family="Times",face="bold", size=18, colour =   "Black",vjust=1)) 
p<- p +opts(axis.title.x = theme_text(family="Times",face="bold", size=15, colour = "Black",vjust=0)) 
p<- p +opts(axis.title.y = theme_text(family="Times",face="bold", size=15, angle =90, colour =  "Black",vjust=0.4))

### NEW
####   Change your call to geom_text ####
p<- p + geom_text(data = data.label, aes(x = x , y = y , label = label ) , size=6,  family="Times" , face="italic" , parse = TRUE)

ggsave(p,file="tsim.a.0-2.pdf")

Я получил это в Mac OS X 10.7.4 и R 2.15.1:

Full size pdf

Zoom of equation annotation