Ответ 1
Если вы пытаетесь анимировать удаление элемента, вам нужно сделать это до его удаления.
Я создал fiddle, демонстрируя это.
В первом разделе вы прослушиваете событие $destroy, которое angular вызывает элементы, которые удаляются из DOM.
Во втором случае я создал директиву, что fadeOut и удалить элемент автоматически.
В третьем случае директива просто fadeOut элемент и удаление передаются контроллеру.
Если вы хотите fadeOt удалить элемент, вы не сможете использовать первый вариант.
Между вторым и третьим я лично предлагаю третий, потому что он более гибкий.