Ответ 1
Существует опция конфигурации doxygen HTML_EXTRA_FILES, которая позволяет копировать дополнительные файлы в корень html-документации. Чтобы скопировать файл, вы должны указать следующее:
HTML_EXTRA_FILES = ../documents/xxx.pdf
Это поместит xxx.pdf в корень вашей документации HTML, поэтому вам, скорее всего, потребуется изменить вашу ссылку на:
<a href="xxx.pdf" target="_blank"><b>Overview</b></a>