Ответ 1
Вызов должен быть:
def files = FileUtils.listFiles(dir, [ "java" ] as String[], false)
Groovy использует списки по умолчанию, а оператор as может использоваться для принуждения этих списков к массивам определенного типа (часто для взаимодействия с java api, как в этом примере)
[править]
Как в стороне, вы можете сделать это с помощью чистого Groovy следующим образом:
def files = dir.listFiles().findAll { it.name ==~ /.*\.java/ }
Затем вам не нужно Commons FileUtils