Ответ 1
Вы не можете поместить ".project" за пределы корня проекта, так как корень проекта - это папка, в которой находится ".project". То, что вы можете, вы можете определить проект в другом месте в качестве источников и создать связанные папки, чтобы связать ваши источники с вашим проектом.
Если вы создаете новую папку, в диалоговом окне есть кнопка "Дополнительно". Если вы щелкните по нему, появится флажок "Ссылка на папку в файловой системе". Здесь вы можете связать папки с вашим проектом, которые не находятся в папке проекта. Я предполагаю, что это тот эффект, который вы хотите достичь.