Ответ 1
Если вы используете Java 6, класс File дает вам setExecutable, setWritable и т.д. Смотрите: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/File.html
В старых версиях Java это невозможно; вы должны выполнить команды OS для этого:
Окна:
Runtime.getRuntime().exec("attrib -r myFile");
Unix:
Runtime.getRuntime().exec("chmod 777 myFile");