Ответ 1
В общем случае вы не можете удалить коммит из Github самостоятельно.
Как указано в ответах на другой вопрос, связанный как возможный дубликат, вы можете ссылаться только на новые коммиты (это то, что вы уже сделали).
Запуск git gc в вашем клоне тоже не поможет, так как это не имеет ничего общего с репо на Github.
Github время от времени запускает свой собственный gc (расписание и/или события запуска не публикуются). GC'ing, что фиксация может быть предотвращена этой ссылкой в проблеме, или ссылка может сохраняться (тогда 404), даже если коммит получает GC'd.
Обычно вы просто игнорируете подобные вещи.
Если это реальная проблема (например, конфиденциальные данные доступны), вы можете обратиться в Github Support и попросить их удалить ссылку и зафиксировать.