Ответ 1
У вас неправильный параметр where, который вам нужно сравнить user_id из вашей таблицы, вы сравниваете идентификатор электронной почты с предоставленным $user_id
$CI->db->select('email');
$CI->db->from('emails');
$CI->db->where('user_id', $userid);
$CI->db->join('user_email', 'user_email.user_id = emails.id', 'left');
$query = $CI->db->get();
Более полезным способом является предоставление псевдонимов вашим таблицам, поэтому таблицы с одинаковыми столбцами не будут иметь путаницы
$CI->db->select('e.email');
$CI->db->from('emails e');
$CI->db->join('user_email ue', 'ue.user_id = e.id', 'left');
$CI->db->where('ue.user_id', $userid);
$query = $CI->db->get();