Ответ 1
Поскольку это файл, специфичный для пользователя, его следует исключить из контроля версий. Из https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ff398069(v=vs.110).aspx, акцент мой.
При создании профиля публикации в папке PublishProfiles создаются два файла:.pubxml и .pubxml.user. Файл .pubxml.user содержит только несколько параметров, которые применяются к определенному пользователю, например зашифрованный пароль. По умолчанию он не включен в исходный элемент управления. Обычно, когда вы меняете настройки, относящиеся к профилю, вы редактируете файл .pubxml, а не файл .pubxml.user.