Ответ 1
Проект в intellij состоит из модулей. Модулями могут быть java-модули, или модули Android и т.д. Модули содержат ваш Java-код и все такое. Модуль может ссылаться на библиотеку, которая может быть библиотекой проекта или глобальной библиотекой. Глобальные библиотеки должны быть определены только один раз. Библиотека проекта в каждом проекте, в котором они вам нужны.
Пакеты представляют собой концепцию java и независимы от IDE.
Предположим, я хочу сделать небольшую игру. Я бы создал проект intellij под названием "mySuperGame". Затем я бы создал два java-модуля из intellij, называемых "логикой" и "ui". В настройках модуля "ui" я хотел бы указать библиотеку проектов для использования opengl и dep. к "логике". Название пакета моих логических классов будет "com.mysupergame.logic.XXX".
Подробнее см. http://confluence.jetbrains.com/display/IDEADEV/Structure+of+IntelliJ+IDEA+Project.