Захват статуса выхода и выхода из системного вызова в R

Я немного играл с system() и system2() для удовольствия, и мне показалось, что я могу сохранить либо выход, либо статус выхода в объекте. Пример игрушки:

X <- system("ping google.com",intern=TRUE)

дает мне результат, тогда как

X <- system2("ping", "google.com")

дает мне статус выхода (1 в этом случае, google не выполняет пинг). Если я хочу как выход, так и статус выхода, я должен сделать 2 системных вызова, которые кажутся немного переборщиками. Как я могу получить оба с использованием только одного системного вызова?

EDIT: я хотел бы иметь как на консоли, если возможно, не переходя временный файл с помощью stdout="somefile.ext" в вызове system2 и последующего его чтения.

Ответы

Ответ 1

Как и в случае R 2.15, system2 даст возвращаемое значение как атрибут, когда stdout и/или stderr имеют значение TRUE. Это облегчает получение выходного текста и возвращаемое значение.

В этом примере ret заканчивается как строка с атрибутом "status":

> ret <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE)
Warning message:
running command ''ls' xx 2>&1' had status 1 
> ret
[1] "ls: xx: No such file or directory"
attr(,"status")
[1] 1
> attr(ret, "status")
[1] 1

Ответ 2

Я немного смущен вашим описанием system2, потому что у него есть аргументы stdout и stderr. Таким образом, он может возвращать оба статуса выхода, stdout и stderr.

> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","xx", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
<simpleWarning: running command ''ls' xx 2>&1' had status 2>
> ex
[1] "ls: cannot access xx: No such file or directory"
> out <- tryCatch(ex <- system2("ls","-l", stdout=TRUE, stderr=TRUE), warning=function(w){w})
> out
 [listing snipped]                  
> ex
 [listing snipped]

Ответ 3

Я предлагаю использовать эту функцию здесь:

robust.system <- function (cmd) {
  stderrFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stderr", fileext=as.character(Sys.getpid()))
  stdoutFile = tempfile(pattern="R_robust.system_stdout", fileext=as.character(Sys.getpid()))

  retval = list()
  retval$exitStatus = system(paste0(cmd, " 2> ", shQuote(stderrFile), " > ", shQuote(stdoutFile)))
  retval$stdout = readLines(stdoutFile)
  retval$stderr = readLines(stderrFile)

  unlink(c(stdoutFile, stderrFile))
  return(retval)
}

Это будет работать только в Unix-подобной оболочке, которая принимает > и 2 > обозначения, а аргумент cmd не должен перенаправлять сам вывод. Но он делает трюк:

> robust.system("ls -la")
$exitStatus
[1] 0

$stdout
 [1] "total 160"                                                      
 [2] "drwxr-xr-x  14 asieira  staff    476 10 Jun 18:18 ."            
 [3] "drwxr-xr-x  12 asieira  staff    408  9 Jun 20:13 .."           
 [4] "-rw-r--r--   1 asieira  staff   6736  5 Jun 19:32 .Rapp.history"
 [5] "-rw-r--r--   1 asieira  staff  19109 11 Jun 20:44 .Rhistory"    

$stderr
character(0)