Ответ 1
Если ваша цель состоит в том, чтобы сохранить одну или другую версию, тогда да, вы захотите использовать:
git checkout <--theirs|--ours> <path>
git add <path>`.
Конечно, как вы говорите, это не идеально. Если вы можете избежать этого, вы должны это сделать. Если можно, попробуйте принять привычки рабочего процесса, которые не изменяют эти файлы на расходящихся ветвях, которые впоследствии должны быть объединены. Если файлы генерируются из отслеживаемого контента, вы, вероятно, действительно хотите их игнорировать, если у вас есть все основания, не нужно, вместо этого вы можете сгенерировать их из слитого отслеживаемого контента, если это возможно.
Итак, изучите все ваши другие параметры, прежде чем делать это, но если нужно, у вас все получится.