Ответ 1
Да, для системных сертификатов используйте
/etc/ssl/certs
И
/etc/ssl/private (chmod 700)
Для пользовательских ключей SSH используйте домашнюю папку пользователя в скрытой папке с именем .ssh.
/home/user/.ssh
ИЛИ
~/.ssh
Для веб-серверов, таких как apache, вы можете переопределить расположение по умолчанию сертификатов, найденных в httpd.conf.