Brew обновление не выполнено: неработающие рабочие файлы дерева будут перезаписаны слиянием

Пытаясь обновить Homebrew с помощью brew update, я получил следующую ошибку:

error: The following untracked working tree files would be overwrittenby merge:     
 Library/Formula/argp-standalone.rb
 Library/Formula/cocot.rb 
Please move or remove them before you can merge. 
Aborting 
Updating e088818..5909e2c 
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

Я нашел сообщение в блоге от того, кто испытал подобную проблему после установки Mountain Lion (который я тоже сделал на этой неделе). Он объясняет, как он удалил файлы, упомянутые в сообщении об ошибке

I removed these files:
$ cd $(brew --prefix)
$ rm cocot.rb
However, removing these files didn't help with the brew update. Instead I had to manually update brew through git:
$ cd $(brew --prefix)
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew update
Already up-to-date.

Предполагая, что эти инструкции правильные (что я, возможно, не должен допускать), я попытался выполнить эти инструкции и сделать

    $ cd $(brew --prefix)
    $ rm cocot.rb

Однако он сказал, что "файл не существует", когда я пытался использовать rm cocot.rb

Одна вещь, о которой я не уверен, - это cd $(brew --prefix) Являются ли те точные слова, которые я набираю, или мне нужно заменить префикс чем-то? cd был успешным, поэтому я предполагаю, что он был прав - он переместил меня в /usr/local, но не было файла для удаления. Содержание /usr/local

Cellar              clamXav             git             mysql               var Library             doc             heroku              mysql-5.5.15-osx10.6-x86_64 README.md           etc             include             rvm bin             foreman             lib             share

Во всяком случае, знаете ли вы, как я могу исправить 'brew update'

Обновление: после удаления файлов в соответствии с инструкциями favoretti и попыткой chown -R <your_username> $(brew --prefix)/.git, я получил следующую ошибку: brew update

error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge:
    Library/Aliases/gperftools
    Library/Aliases/hashdeep
    Library/Aliases/htop
    Library/Aliases/nodejs
    Library/Aliases/ocio
    Library/Aliases/oiio
    Library/Aliases/pgrep
    Library/Aliases/pkill
    Library/Aliases/qt4
    Library/Aliases/twolame
    Library/Aliases/wxwidgets
    Library/Contributions/cmds/brew-aspell-dictionaries
    Library/Contributions/cmds/brew-beer.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-dirty.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-graph
    Library/Contributions/cmds/brew-grep
    Library/Contributions/cmds/brew-leaves.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-linkapps.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-ls-taps.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-man
    Library/Contributions/cmds/brew-md5-to-sha1
    Library/Contributions/cmds/brew-mirror-check.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-pull.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-readall.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-server
    Library/Contributions/cmds/brew-services.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-switch.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-test-bot.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-tests.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-unpack.rb
    Library/Contributions/cmds/brew-which.rb
    Library/Contributions/cmds/git
    Library/Contributions/cmds/svn
    Library/ENV/4.3/apr-1-config
    Library/ENV/4.3/bsdmake
    Library/ENV/4.3/c++
    Library/ENV/4.3/c89
    Library/ENV/4.3/c99
    Library/ENV/4.3/cc
    Library/ENV/4.3/clang
    Library/ENV/4.3/clang++
    Library/ENV/4.3/cpp
    Library/ENV/4.3/g++
    Library/ENV/4.3/gcc
    Library/ENV/4.3/git
    Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-g++-4.2
    Library/ENV/4.3/i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2
    Library/ENV/4.3/ld
    Library/ENV/4.3/llvm-g++
    Library/ENV/4.3/llvm-g++-4.2
    Library/ENV/4.3/llvm-gcc
    Library/ENV/4.3/llvm-gcc-4.2
    Library/ENV/4.3/make
    Library/ENV/4.3/mig
    Library/ENV/4.3/sed
    Library/ENV/4.3/svn
    Library/ENV/4.3/xcrun
    Library/ENV/libsuperenv.rb
    Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcrypto.pc
    Library/ENV/pkgconfig/leopard/libcurl.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libcurl.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libexslt.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxml-2.0.pc
    Library/ENV/pkgconfig/mountain_lion/libxslt.pc
    Library/Formula/abcl.rb
    Library/Formula/abcmidi.rb
    Library/Formula/aiccu.rb
    Library/Formula/akka.rb
    Library/Formula/alac.rb
    Library/Formula/alure.rb
    Library/Formula/appledoc.rb
    Library/Formula/arangodb.rb
    Library/Formula/argp-standalone.rb
    Library/Formula/argtable.rb
    Library/Formula/autopano-sift-c.rb
    Library/Formula/avian.rb
    Library/Formula/avidemux.rb
    Library/Formula/avro-cpp.rb
    Library/Formula/aws-cloudsearch.rb
    Library/Formula/aws-sns-cli.rb
    Library/Formula/backupninja.rb
    Library/Formula/bact.rb
    Library/Formula/bam.rb
    Library/Formula/basex.rb
    Library/Formula/berkeley-db4.rb
    Library/Formula/bind.rb
    Library/Formula/blazeblogger.rb
    Library/Formula/bochs.rb
    Library/Formula/boost149.rb
    Library/Formula/bsdconv.rb
    Library/Formula/bsdmake.rb
    Library/Formula/buildapp.rb
    Library/Formula/bup.rb
    Library/Formula/byacc.rb
    Library/Formula/cadubi.rb
    Library/Formula/camellia.rb
    Library/Formula/casperjs.rb
    Library/Formula/ccextractor.rb
    Library/Formula/cconv.rb
    Library/Formula/cdo.rb
    Library/Formula/cdpr.rb
    Library/Formula/cgvg.rb
    Library/Formula/checkstyle.rb
    Library/Formula/chordii.rb
    Library/Formula/chruby.rb
    Library/Formula/cifer.rb
    Library/Formula/clhep.rb
    Library/Formula/cntlm.rb
    Library/Formula/cocot.rb
    Library/Formula/cogl.rb
    Library/Formula/collada-dom.rb
    Library/Formula/crash.rb
    Library/Formula/crossroads.rb
    Library/Formula/crosstool-ng.rb
    Library/Formula/css-crush.rb
    Library/Formula/csync.rb
    Library/Formula/ctemplate.rb
    Library/Formula/curlftpfs.rb
    Library/Formula/cutter.rb
    Library/Formula/cvsutils.rb
    Library/Formula/darkstat.rb
    Library/Formula/darner.rb
    Library/Formula/dart.rb
    Library/Formula/dasm.rb
    Library/Formula/debianutils.rb
    Library/Formula/dfc.rb
    Library/Formula/dgtal.rb
    Library/Formula/dhcping.rb
    Library/Formula/di.rb
    Library/Formula/dmtx-utils.rb
    Library/Formula/drip.rb
    Library/Formula/dsniff.rb
    Library/Fo
Aborting
Updating e088818..c1fbc29
Error: Failed while executing git pull  origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master

Ответы

Ответ 1

cd $(brew --prefix)
git reset --hard HEAD
brew update

Ответ 2

Вам нужно сделать следующее:

cd $(brew --prefix)
rm Library/Formula/argp-standalone.rb
rm Library/Formula/cocot.rb

И затем сделайте

git fetch origin
git reset --hard origin/master
brew update

В принципе, чтобы объяснить немного больше:

cd $(brew --prefix)

сообщает cd изменить каталог на все brew --prefix. Если вы попробуете выполнить команду brew --prefix, вы увидите что-то в строках:

brew --prefix
/usr/local

Таким образом, команда будет в этом случае эквивалентом cd /usr/local. Более новые версии brew имеют формулы под своим установочным префиксом и Library/Formula/, поэтому там, где вам нужно искать устаревшие/измененные файлы.

Обратите внимание, что если вы изменили эти формулы самостоятельно по какой-либо причине (например, закрепление версии), это действие вернет их обратно по умолчанию и может вызвать нежелательные эффекты.

@TedPennings отметил в комментариях, что это сработало для него, но его последовательность была:

chown all to my_username:admin, т.е. sudo chown -R ted:admin $(brew --prefix)
выполните две команды git выше, git fetch origin и git reset --hard origin/master

Ответ 3

Это вызвано старой ошибкой в коде update, который уже давно исправлен. Однако характер ошибки требует, чтобы вы сделали следующее:

cd $(brew --repository)
git reset --hard FETCH_HEAD

Если brew doctor все еще жалуется на незафиксированные изменения, также выполните следующую команду:

cd $(brew --repository)    
git clean -fd

Ответ 4

$ cd $(brew --prefix)
$ git clean -fd
$ git reset --hard
$ sudo chown -R `whoami` `brew --prefix`
$ brew update

Примечание: шаги 2 и 3 работали для меня, так как я сделал шаг 5 до 4, прежде чем получил ошибку. Обновление brew перед изменением владельца папки вызвало всю проблему.

Ответ 5

У меня была аналогичная проблема, когда моя библиотека пакетов brew была загружена как пользователь root, а затем я не смог запустить обновление brew, поскольку git будет жаловаться на невозможность слияния файла.

Решение должно было: -

sudo chown -R <user> /usr/local/Library

Ответ 6

Сброс репозитория brew должен быть наиболее эффективным способом, если вы не возражаете отказаться от возможных изменений в формулах, которые вы могли применить:

$ cd `brew --prefix`
$ git fetch origin
$ git reset --hard origin/master
$ brew cleanup --force
$ brew update

Ответ 7

Мне удалось исправить это на моей машине, добавив на эти пути следующие права на запись (и setgid bit) администратора:

sudo chmod -R g+ws /usr/local /Library/Caches/Homebrew

Параметр s устанавливает идентификатор группы при выполнении, чтобы разрешения на запись не были потеряны при следующем обновлении или обновлении другого администратора adminbrew.

Этот ответ несколько неполный, потому что, когда я пытаюсь выполнить brew cleanup --force, возникает проблема с разрешениями, когда Homebrew пытается удалить содержимое в /usr/local/Cellar/. (К сожалению, я пока не могу исследовать это дальше.)

Ответ 8

Другой вариант - просто использовать git stash.

Команда обновления brew выполняет git pull, поэтому, если есть какие-либо измененные файлы (или даже атрибуты файлов, которые произошли со мной, когда я менял разрешения в каталоге рекурсивно), вы должны как-то исправить конфликты. Использование git stash является одним из способов; он принимает любые изменения и откладывает их в сторону, чтобы вы эффективно возвращались к последней обновленной версии репо. По умолчанию расположение "Homebrew" по умолчанию /usr/local и устанавливается как репозиторий git. Вы можете найти папку .git, чтобы убедиться в этом сами. Я пишу homebrew uninstall script, который будет опубликован в моем профиле GitHub в ближайшее время с дополнительной информацией.

Ответ 9

sudo chown -R USER /usr/local/bin

note - для USER используйте команду, то есть ваше имя пользователя

sudo brew doctor

Ответ 10

Этот подход может быть проще, чем некоторые. Он включает в себя:

исправление проблемы git, чтобы вы могли снова делегировать управление изменениями.
никаких ручных перемещений файлов или каталогов.
нет ручных настроек разрешений файлов или каталогов.

Шаги (с примечаниями для тех, кто хочет объяснений):

cd $(brew --repository)                              // see Note 1 below
git remote add brew https://github.com/Homebrew/brew // see Note 2 below
git pull brew master                                 // promising fast-forward report!
brew update                                          // see Note 3 below

Обзор:
Из того, что я могу сказать, фактическая причина этого вопроса - изменение URL-адреса репо. Теперь он brew и был brew.git. (Полный обновленный URL: https://github.com/Homebrew/brew)

Примечание 1: Эта первая команда приведет вас из любой точки вашей файловой структуры в правильный каталог. Структура каталогов для меня отличается от того, что показывают другие (Mac OS 10.11.16), но с этой командой эти различия не должны иметь значения.

Примечание 2: Эта вторая команда добавляет правильный удаленный URL к новому псевдониму; Я сделал это на всякий случай, если этот подход не выполнил то, что я хотел, и мне снова нужен предыдущий адрес. Поскольку новый удаленный компьютер работал, я приглашу кого-то еще прокомментировать, просто изменив url с псевдонимом по происхождению. Я с удовольствием обновлю ответ, чтобы отразить то, что сработало для вас.

Примечание 3: Эта четвертая команда имеет точно желаемый результат: она сообщает о большом количестве обновлений, включая особенно приятный отчет "== > Миграция HOMEBREW_REPOSITORY в /usr/local/Homebrew!" (акцент их).

Ответ 11

Этот пост помог мне после обновления в El Capitan. В моем случае chown не работал ( "zsh: command not found: chown" ), поэтому шаг 1 добавлял эту строку в мой .zshrc:

export PATH="$PATH:/usr/sbin"

Я уже пробовал несколько более популярных ответов выше, поэтому я почти уверен, что git status стал чистым к тому моменту, когда я вставлял критическую команду из сообщения в блоге:

sudo chown $(whoami):admin /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local

Ответ 12

Это должно работать.

1. cd `brew --prefix`
2. git fetch origin
3. git reset --hard origin/master
4. sudo brew update

Ответ 13

Going sudo всегда работает для меня:

sudo brew upgrade