Ответ 1
Вам необходимо явно сгенерировать изменения для обязательств с помощью git add или git rm.
Если при совершении фиксации используется флаг -a, git будет автоматически размещать любые измененные и удаленные файлы без необходимости их явного планирования с помощью add или rm и т.д.
Если вы не укажете -a, любые файлы, которые были изменены или удалены, но не были явно организованы с использованием git add или git rm, будут проигнорированы в commit.
Обновление
Как говорит д-р Джанлуиджи Зейн Занеттини - -a не добавляет новые файлы в индекс, поэтому, если у вас есть совершенно новые файлы, вы не должны ожидать, что -a будет их рекламировать.
http://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-commit.html