Ответ 1
Приложение RStudio и сеанс R - это разные процессы (например, в Windows, если вы открываете Диспетчер задач, вы можете увидеть "RStudio R session" в списке фоновых процессов). Когда вы вызываете q() в интерактивном режиме, он закрывает оба, но когда вы отправляете script, он закрывает только сеанс R, а не программу RStudio, которая затем возвращает сообщение об ошибке и предлагает создать новый сеанс.
Кажется, что нет возможности закрыть RStudio неинтерактивно. Если бы это было возможно, это, вероятно, было бы в пакете rstudioapi (https://github.com/rstudio/rstudioapi).