Связанное оглавление (toc) в md с помощью rmarkdown

Когда я использую пакет rmarkdown, чтобы сделать Rmd в md, я могу включить toc через:

  md_document:
    toc: true

Но они не связаны. Теперь я могу сделать это вручную после использования render с помощью этой функции, которую я создал:

rmarkdown::render("README.Rmd", "all") 

md_toc <- function(path = {(x <- dir())[tools::file_ext(x) == "md"]}){
    x <- suppressWarnings(readLines(path))
    inds <- 1:(which(!grepl("^\\s*-", x))[1] - 1)
    temp <- gsub("(^[ -]+)(.+)", "\\1", x[inds])
    content <- gsub("^[ -]+", "", x[inds])
    x[inds] <- sprintf("%s[%s](#%s)", temp, content, 
        gsub("[;/?:@&=+$,]", "", gsub("\\s", "-", tolower(content))))
    cat(paste(x, collapse = "\n"), file = path)
}

md_toc()

Он работает, читая файл обратно и вручную вставляя ссылки с формой [Section 1](#section-1).

Есть ли лучший способ сделать ссылку md toc на разделы?

У меня это как GitHub repo, если это проще, но здесь MWE Rmd:

---
title: "testing_Rmd"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: journal
    number_sections: true
  pdf_document:
    toc: true
    number_sections: true
  md_document:
    toc: true      
---


# Section 1

Stuff

# Section 2

More Stuff

## Random Stuff A

1 + 2

## Random Stuff B

```{r}
1 + 2
```

# Conclusion

Ответы

Ответ 1

Работая из сообщения в группе обсуждения pandoc, будет что-то как эта работа для вас?

Предположим, что источником является testTOC.Rmd...

```{r mdTOC, echo=FALSE}
mdTOC <- grepl("markdown", knitr::opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to") )
```

```{r, engine='bash', results='asis',echo=FALSE, eval=mdTOC}
# toc-template.txt is somewhere in the path and only contains a single line:: $toc$
pandoc --template=toc-template.txt --toc --to html --from markdown testTOC.Rmd |\
pandoc --to markdown --from html
```

Выходы::

-   [Section 1](#section-1)
-   [Section 2](#section-2)
    -   [Random Stuff A](#random-stuff-a)
    -   [Random Stuff B](#random-stuff-b)
-   [Conclusion](#conclusion)

Итак, вы хотите установить toc: false в заголовок YAML, чтобы не повторять его.