Ответ 1
Для Live Templates вы можете указать желаемый формат в качестве параметра функции date() (см. http://www.jetbrains.com/webstorm/webhelp/edit-template-variables-dialog.html)
Для шаблонов файлов я могу предложить использовать отдельные переменные для разных полей даты. Например, ${YEAR}/${MONTH}/${DAY} вместо ${DATE}
что касается элементов управления версиями, формат даты не настраивается и не различается для разных VC. Невозможно установить формат даты для использования везде в среде IDE - проголосуйте за IDEA-99114. В общем, это зависит от локали системы
см. также комментарии в IDEABKL-6449