Ответ 1
Закладок - это фиксация (или действительно, две или даже иногда три фиксации), и вы не можете изменить фиксацию. Тогда буквальный ответ на ваш вопрос - "вы не можете". К счастью, вам не нужно.
Вы говорите, что не можете применить свой тайник из-за противоречивого файла. Но вы можете применить его, вы просто получите конфликт слияния. Все, что вам нужно сделать, это разрешить конфликт слияния.
Скажем, конфликт находится в файле README.txt, просто чтобы там что-то писать здесь.
Если вы хотите разрешить его, сохранив версию на ветке, примените stash, а затем проверьте версию на ветке, чтобы разрешить конфликт:
git stash apply
git checkout --ours -- README.txt # or git checkout HEAD -- README.txt
Если вы хотите сохранить версию in-stash, извлеките ее:
git checkout --theirs -- README.txt # or git checkout stash -- README.txt
Или используйте любой старый инструмент разрешения слияния (я просто использую текстовый редактор), а затем "git добавить" результат.
Как только вы все закончите с тайком, git stash drop "забудет" коммиты, составляющие тайник. (Не делайте этого, пока не убедитесь, что с ним все покончено, очень сложно вернуть его обратно.)