Ответ 1
Будет ли что-то подобное делать?
plotmatrix(data = wind) + geom_smooth(method="lm")
Что дает:
Хэдли называет это "сырой экспериментальной матрицей рассеянного экрана", но это может быть достаточно для ваших нужд?
Изменить: В настоящее время plotmatrix() недостаточно гибкий, чтобы обрабатывать все требования @Chris относительно спецификации слоя geom_point(). Тем не менее, мы можем отрезать кишки из plotmatrix(), как использовать хороший код Хэдли, чтобы создать структуру данных, необходимую для построения, но нарисуйте его, как нам нравится, используя стандартные вызовы ggplot(). Эта функция также снижает плотность, но вы можете посмотреть код plotmatrix(), чтобы узнать, как их получить.
Во-первых, функция, которая расширяет данные из широкого формата до повторного формата, необходимого для графика пар, где мы строим каждую переменную по отношению друг к другу, но не по себе.
Expand <- function(data) {
grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data))
grid <- subset(grid, x != y)
all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) {
xcol <- grid[i, "x"]
ycol <- grid[i, "y"]
data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol],
x = data[, xcol], y = data[, ycol], data)
}))
all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data))
all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data))
all
}
Примечание: все это делает кражу кода Хэдли из plotmatrix() - здесь я ничего не делал.
Разверните данные:
wind2 <- Expand(wind)
Теперь мы можем построить это как любой другой длинноформатный объект данных, требуемый ggplot():
ggplot(wind2, aes(x = x, y = y)) +
geom_point(alpha = I(1/10), shape = I(20), size = I(1)) +
facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free")
Если вы хотите плотность, тогда мы можем вывести этот бит кода два в вспомогательную функцию:
makeDensities <- function(data) {
densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) {
data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i],
x = data[, i])
}))
densities
}
Затем вычислите плотности для исходных данных:
dens <- makeDensities(wind)
а затем добавьте затем тот же бит кода из plotmatrix():
ggplot(wind2, aes(x = x, y = y)) +
geom_point(alpha = I(1/10), shape = I(20), size = I(1)) +
facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free")+
stat_density(aes(x = x, y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)),
data = dens, position = "identity", colour = "grey20",
geom = "line")
Полная версия исходного рисунка, показанного выше, но с использованием извлеченного кода:
ggplot(wind2, aes(x = x, y = y)) +
geom_point(alpha = I(1/10), shape = I(20), size = I(1)) +
facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free")+
stat_density(aes(x = x, y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)),
data = dens, position = "identity", colour = "grey20",
geom = "line") +
geom_smooth(method="lm")
даяние:
