Ответ 1
То, что вы, вероятно, хотите, это что-то вроде этого (наблюдая при необходимости кавычки в команде):
<CustomAction Id='ExecNotepad' Directory='INSTALLDIR' Execute='immediate'
ExeCommand='[SystemFolder]notepad.exe "[SOMEFILE]"' Return='ignore'/>
ExeCommand - это то, где вы хотите поместить свою команду. Здесь у меня есть блокнот с файлом. Некоторые из атрибутов будут разными, в зависимости от того, что делает ваша команда, особенно параметров Execute и Impersonate. Было бы также полезно узнать, какую версию WiX вы использовали (код выше - v2).