Ответ 1
Отсутствие обернутого текста (часть) точки блоков кода. Насколько я знаю, единственный способ обернуть код - это вручную. Для большинства языков, в любом случае, не более определенной длины строки считается хорошим стилем.
Если ваши строки ограничены по длине, но все еще слишком длинны для вашего PDF-формата, созданного в формате LaTeX, рассмотрите возможность уменьшения размера шрифта для кодовых блоков. Для этого вам нужно изменить шаблон LaTeX, используемый pandoc. Посмотрите на этот ответ на "Как установить размер шрифта для всех дослов в презентации Beamer?" вам нужно начать.