Ответ 1
Вы должны указать на vendor/autoload.php в Settings | PHP | PHPUnit при использовании PHPUnit через Composer.
В этом сообщении блога есть все подробности (с фотографиями) для успешной настройки IDE для такого сценария: http://confluence.jetbrains.com/display/PhpStorm/PHPUnit+Installation+via+Composer+in+PhpStorm
Соответствующий билет на удобство использования: http://youtrack.jetbrains.com/issue/WI-18388
P.S. Билет WI-18388 уже исправлен в версии 4.0