<div id="target">
<div id="exclude"></div>
<div></div>
...
</div>
$('#target').children().hide(); скроет все.
То, что вы хотите сделать, это скрыть всех братьев и сестер определенного элемента. Это относительно просто с jQuery с помощью метода .siblings:
$("#exclude").siblings().hide();
Это скроет все элементы на одном уровне в одном и том же родительском элементе.
Я считаю, что $('#target > div').not('#exclude').hide() должен делать то, что вы хотите.
Или поочередно, если вы хотите, чтобы дочерние элементы тоже были divs, $('#target div').not('#exclude').hide()
Используйте : не селектор
Вы пытались использовать селектор "not" с идентификатором, который вы хотите исключить?
http://docs.jquery.com/Selectors/not#selector
Кроме того, очевидным ответом будет следовать за ним с помощью $('# exclude'). show()
$('#target').children().hide();
$('#exclude').show();