Ответ 1
Если вы уже пытались слить и смотрите на несвязанные файлы, вы можете использовать git checkout:
git checkout some_branch
git merge origin/master
<conflicts!>
git checkout --theirs -- <dir>|<file>
(и, конечно, --ours
поддерживает версию из текущей ветки)