Ответ 1
Для этого нет ui-опции, но это возможно с помощью конфигурации Atom:
"*":
editor:
invisibles:
eol: false
Также вы можете скрыть вкладки и пробелы, если хотите:
"*":
editor:
invisibles:
eol: false
tab: false
space: false
UPDATE
Атом изменился с момента первоначального ответа, и теперь он имеет UI для конфиг-невидимости: