Ответ 1
Итак, проблема возникает из-за рекурсивного вызова ggplot2:::strip_dots для любой эстетики, которая включает в себя "рассчитанную эстетику". Существует некоторая дискуссия вокруг вычисленной эстетики в этом SO-вопросе и ответе. Соответствующий код в layer.r находится здесь:
new <- strip_dots(aesthetics[is_calculated_aes(aesthetics)])
то есть. strip_dots вызывается только в том случае, если вычисленная эстетика определена с помощью регулярного выражения "\\.\\.([a-zA-z._]+)\\.\\.".
strip_dots in принимает рекурсивный подход, работая через вложенные вызовы и удаляя точки. Код выглядит так:
function (expr)
{
if (is.atomic(expr)) {
expr
}
else if (is.name(expr)) {
as.name(gsub(match_calculated_aes, "\\1", as.character(expr)))
}
else if (is.call(expr)) {
expr[-1] <- lapply(expr[-1], strip_dots)
expr
}
else if (is.pairlist(expr)) {
as.pairlist(lapply(expr, expr))
}
else if (is.list(expr)) {
lapply(expr, strip_dots)
}
else {
stop("Unknown input:", class(expr)[1])
}
}
Если мы предоставим анонимную функцию для этого кода следующим образом:
anon <- as.call(quote(function(g) mean(g)))
ggplot2:::strip_dots(anon)
мы воспроизводим ошибку:
#Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) :
# object 'expr' of mode 'function' was not found
Используя это, мы видим, что anon является call. Для call s, strip_dots будет использовать lapply для вызова strip_dots для второго и третьего элементов call. Для анонимной функции, подобной этой, вторым элементом является formals функции. Если мы посмотрим на formals of anon, используя dput(formals(eval(anon))) или dput(anon[[2]]), мы видим следующее:
#pairlist(g = )
Для pairlist s, strip_dots пытается выполнить lapply сам. Я не уверен, почему этот код существует, но, конечно, в этом случае он приводит к ошибке:
expr <- anon[[2]]
lapply(expr, expr)
# Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) :
# object 'expr' of mode 'function' was not found
TL; DR На этом этапе ggplot2 не поддерживает использование анонимных функций в aes, где используется расчетная эстетика (например, ..count..).
В любом случае желаемый конечный результат может быть достигнут с помощью dplyr; в общем, я думаю, что это делает для более читаемого кода выделение суммирования данных из графика:
newDat <- dat %>%
group_by(died, type, group) %>%
summarise(count = n()) %>%
group_by(type, group) %>%
mutate(Proportion = count / sum(count))
p <- ggplot(newDat, aes(x = died, y = Proportion, group = interaction(group, type), fill=group, alpha=type)) +
theme_bw() +
scale_alpha_discrete(range=c(0.5, 1)) +
geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")
ggplot2 fix
Я разветкил ggplot2 и сделал два изменения в aes_calculated.r, которые исправляют проблему. Первым было исправить обработку pairlist до lapply strip_dots вместо expr, что, я думаю, должно было быть предполагаемым поведением. Во-вторых, для формалей без значения по умолчанию (например, в приведенных здесь примерах) as.character(as.name(expr)) выдает ошибку, поскольку expr является пустым именем, и хотя это допустимая конструкция, невозможно создать ее из пустая строка.
Закупоренная версия ggplot2 на https://github.com/NikNakk/ggplot2 и вытащить запрос только что сделано.
Наконец, после всего, приведенный пример sapply не работает, потому что он возвращает матрицу с двумя столбцами на 4 столбца, а не 8 длиной. Исправленная версия выглядит следующим образом:
p + geom_histogram(
aes(y=unlist(lapply(unique(..group..), function(g)
..count..[..group..==g] / sum(..count..[..group..==g])))),
position='dodge'
)
Это дает тот же результат, что и решение dplyr выше.
Еще одна вещь, которую следует отметить, заключается в том, что этот код lapply предполагает, что данные на этом этапе сортируются по группам. Я думаю, что это всегда так, но если по какой бы то ни было причине, вы бы не закончили с данными y не в порядке. Альтернативой, которая сохраняет порядок строк в вычисленных данных, будет:
p + geom_histogram(
aes(y={grp_total <- tapply(..count.., ..group.., sum);
..count.. / grp_total[as.character(..group..)]
}),
position='dodge'
)
Также стоит знать, что эти выражения оцениваются в baseenv(), пространстве имен базового пакета. Это означает, что любые функции из других пакетов, даже стандартных, таких как stats и utils, должны использоваться с оператором :: (например, stats::rnorm).