Ответ 1
Вы устанавливаете системную переменную GLOBAL, но вы запрашиваете переменную SESSION. Чтобы значение переменной GLOBAL вступила в силу для текущего сеанса, вам нужно повторно подключиться или установить переменную @@SESSION.long_query_time. (Обратите внимание, что SHOW VARIABLES по умолчанию показывает переменные сеанса.)
Вот пример:
mysql> SHOW SESSION VARIABLES LIKE "long_query_time";
+-----------------+-----------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+-----------+
| long_query_time | 10.000000 |
+-----------------+-----------+
mysql> SET @@GLOBAL.long_query_time = 1;
mysql> SHOW GLOBAL VARIABLES LIKE "long_query_time";
+-----------------+----------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+----------+
| long_query_time | 1.000000 |
+-----------------+----------+
mysql> SHOW VARIABLES LIKE "long_query_time";
+-----------------+-----------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+-----------+
| long_query_time | 10.000000 |
+-----------------+-----------+