Ответ 1
Есть ли в вашем проекте Sphinx файлы .rst, содержимое которых вы не хотите выводить?
Используйте переменную конфигурации
exclude_patterns. Выходные данные (и никакие предупреждающие сообщения) не будут генерироваться для файлов, соответствующих указанным шаблонам. Смотрите http://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/configuration.html#confval-exclude_patterns.Есть ли в вашем проекте Sphinx файлы .rst, которые не являются частью какого-либо дерева, но чей контент должен быть в выводе?
Добавьте
:orphan:вверху каждого файла .rst, чтобы отключить предупреждающее сообщение. Видеть http://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/restructuredtext/field-lists.html#file-wide-metadata